Paraguayssa asui v. 1536, siihen aikaan jolloin Alvaro Nunez sen vallotti, useita villejä kansakuntia, jotka erosivat toisistaan pääasiassa kieleltään. Guaranikansa, niistä verrattomasti lukuisin, asui sangen laajalla maa-alueella, joka ulottui Guyanasta pohjosessa Rio de la Platan suulle etelässä ja jota idässä rajotti Atlannin valtameri, lännessä Andit. Guaranikansaa asui koko Brasiliassa, ja useita muita kansoja asui sen keskuudessa.
Guaranien kansakuntaan kuului tavattoman monia eri heimokuntia, joita asui hajallaan tällä laajalla maa-alueella. Useat heimot asuivat kylissä, jotka sijaitsivat metsien rannalla ja virtojen varsilla. Niihin kuuluvat hankkivat elantonsa metsästämällä ja kalastamalla, kokoamalla runsaasti löytyvää villien mehiläisten hunajaa ja maanviljelyksellä, joka vielä oli vallan alkeellisella asteella. He viljelivät maniokia, leipäjuurta, josta valmistivat kassavea, maniokileipää, he viljelivät maissia ja korjasivat Charlevoixin mukaan kaksi satoa vuodessa, he pitivät kanoja, hanhia, ankkoja, papukaijoja, sikoja ja koiria. He käyttivät aseina kolmisärmäistä nuijaa, jota sanottiin makanaksi, jousta, joka kuuden jalan pituutensa ja vaikeataipuisan puukaarensa vuoksi täytyi jännittää siten, että pistettiin sen toinen pää maahan; voimakkaasti lennätti se neljän jalan pituisia heittokeihäitä ja pähkinänkokoisia savikuulia, jotka oli poltettu koviksi ja joita pidettiin eräänlaisessa verkossa. Kolmenkymmenen metrin etäisyydeltä musersivat he näillä kuulilla miehen sääriluun ja niillä tappoivat he lintuja lennosta.
Erilaisista tiedoista huolimatta on varmaa, että guaranit, siihen aikaan kun Paraguay vallotettiin, olivat seudun korkeimmalle kehittynyt kansakunta. Useat siihen kuuluvista heimoista asuivat vakinaisilla asumasijoilla ja harjottivat alkeellista maanviljelystä. Tämä heidän saavuttamansa yhteiskunnallinen kehitys teki mahdolliseksi pysyttää heidät työssä ja orjuuttaa heidät. Sen vuoksi voivat portugalilaiset tehdä vangitsemansa guaranilaiset orjiksi. M'bayakansaan kuuluvat sitävastoin antoivat mieluummin hävittää itsensä sukupuuttoon kuin taipuivat pakkotyöikeen alaisiksi. Muutamassa vuodessa onnistui portugalilaisten tehdä orjiksi kaikki Brasiliassa asuvat guaranit. Espanjalaiset kokosivat yhtä lyhyessä ajassa Paraguayn guaranit 40:en puebloon (asuttuun paikkaan) ja pakottivat heidät tekemään talonsa ja maanviljelystöitä, »kun sen sijaan», kuten Azara kertoo, »kukaan ei voinut kukistaa muita indianeja eikä koota heitä siirtokuntiin». Vieläpä villitkin olivat käyttäneet guaranien työkykyä hyväkseen. M'bayalaiset, jotka »pitivät itseään maailman urhoollisimpana kansana ja myöskin jaloimpana, ylevämielisimpänä ja uskollisimpana, jos oli kysymys sanansa pitämisestä», ja jotka perin pohjin halveksivat europalaisia, viljelyttivät maitansa guaraneilla. »Kumminkaan ei tämä orjuus ollut kovaa», huomauttaa Azara, »guarani alistuu siihen vapaaehtoisesti ja ottaa vapautensa takaisin, kun häntä haluttaa. M'bayalaiset eivät koskaan antaneet palvelijoilleen käskyjä; he eivät koskaan käyttäneet palvelijoitaan kohtaan käskevää tai pakottavaa puhetapaa ... he luottavat heidän hyvään tahtoonsa, tyytyvät siihen, mitä palvelusväki omasta halustaan tahtoo tehdä, ja jakavat sen kanssa kaiken mitä heillä on ... Olen nähnyt, miten vilusta värisevä m'bayalainen jätti guaranilaiselle orjalleen peitteen, jonka tämä oli häneltä ottanut, eipä edes huomauttanut, että hän mielellään olisi itse pitänyt sen ... Kukaan sotavanki ei tahdo jättää m'bayalaisia, vaikka hänet tehdään orjaksi, eivät edes espanjalaiset naiset, vaikka monet näistä vangiksi joutuessaan jo olivat täysi-ikäisiä ja äitejä.»
Tuo niin lempeä ja helposti ohjattava guaranikansa oli kristillisillä »lähetysasemilla» oppiva tuntemaan paljon ankarampaa orjuutta. Kumminkin oli se kohtelu, jonka guaranit espanjalaisilta ja jesuitoilta saivat osakseen, vielä lempeätä verrattuna portugalilaisten menettelyyn Brasiliassa.
Kristillisen sivistyksen levittäjät olivat arkaa omaatuntoaan rauhottaneet selittämällä, että indianit olivat »järjettömiä ihmisiä» ja merkitsivät ihmisen ja eläimen välimuotoa. Las Casasin pontevuutta ja uhrautuvaisuutta on kiittäminen siitä, että paavi Paavali III:s bullassaan vuonna 1537 tunnusti indianit ihmisiksi. Siitä huolimatta kokoontui v. 1538 Limaan kirkolliskokous pohtimaan vielä kerran kysymystä punanahkojen ihmisyydestä. Mielipiteet asiasta kävivät eri suuntiin, kumminkin tahtoi enemmistö suosiollisesti myöntää, että indianeilla on järki, niin että he voivat saada luvan kirkon sakramenttien nauttimiseen. Mutta kun herrajumalalla Kristuksen kuoleman aikaan ei vielä ollut aavistusta Amerikan olemassaolosta, jonka, kuten tietty, Kolumbus löysi vasta viisitoista vuosisataa myöhemmin, niin ei hän myöskään ollut voinut lähettää ketään apostolia sinne, kääntämään uuden maailmanosan kansakuntia kristinuskoon. Seikka oli vaikea selittää. Pulmasta päästiin otaksumalla, että pyhä Tuomas oli Indiasta käsin saapunut Amerikaan, josta vielä oltiin keksivinään lukuisia apostolisen vaikutuksen jälkiä. Kun kirkko oli sanonut ratkaisevan sanan, pyrki Espanian hovi sangen kiitettävällä tavalla estämään kohtelemasta indianeja juhtina ja hävittämästä heitä sukupuuttoon, mikä oli tullut Perun alkuasukasten kohtaloksi. Katolinen kirkko on osalta vastuussa espanialaisten vallottajien epäinhimillisestä julmuudesta; se antoi näiden menettelylle oikeutuksen varjon kauan vitkastelemalla tunnustamasta punanahkoja ihmisiksi.
Paraguayn ja Rio de la Platan varsilla olevien alueiden vallottajat eivät tuhonneet villejä, vaan alistivat heidät helppoon orjuuteen. He määräsivät, että jokainen indianiheimo, joka hyökkäisi espanialaisten leirin kimppuun tai jollakin tavoin sitä vahingoittaisi, olisi tuomittu orjuuteen. Kaikkien siihen kuuluvien täytyi elämänsä loppuun palvella voittajaa ja muodostaa »comendaria de yanaconas», se on heistä tuli eräänlaisia orjia, jotka, määrättyyn paikkaan kytkettyinä, olivat velvotettuja henkilökohtaiseen palveluksentekoon. Mutta espanialaisten komturikunnat (vuokra-alueet) eroavat oleellisesti portugalilaisten komturikunnista, sillä edellisissä oli kiellettyä indianien myyminen, pahoinpitely, jopa käytöksen, sairauden tai vanhuuden vuoksi tapahtuva poislähettäminenkin. Isäntä oli velvollinen orjansa vaatettamaan, ruokkimaan ja hoitamaan, kasvattamaan heidät kristinuskoon ja opettamaan heille jotakin käsityöammattia. Tästä näkee, että Espanian hallitus aikoi sivistää indianit ja samalla hankkia sivistäjälle etua. Joka vuosi kävivät tarkastajat komturikunnissa, ottivat selon indianein valituksista ja tutkivat, noudatettiinko kuninkaallisia määräyksiä ja ohjeita.
Elleivät villit vapaaehtoisesti valinneet itselleen kiinteätä asuinsijaa ja tunnustaneet Espanian ylivaltaa, niin pakotettiin heidät, jos se oli mahdollista, valitsemaan jokin paikka oman alueensa piirissä ja muodostamaan sinne kylä, joka järjestettiin europalaiseen tapaan. Katsike, heimokunnan sotapäällikkö, tuli »korrigedoriksi» eli ylimmäksi virkamieheksi; alkaldi (pormestari, kunnanesimies) ja muut »kabilden» (kunnallisneuvosten) jäsenet määrättiin vaalin kautta virkaansa. Kylissä asuvia indianeja nimitettiin »mitayoiksi» (arentimiehiksi), joiden tuli kaksi kuukautta vuodessa palvella espanjalaisia, muun ajan olivat he vapaina eikä heidän tarvinnut tehdä mitään työtä herralleen. Naisilla, 18:n vuotta nuoremmilla ja viisikymmentä vuotta täyttäneillä henkilöillä, eikä myöskään katsikella, hänen vanhimmalla pojallaan ja »kabilden» jäsenillä ollut minkäänlaista palveluksentekovelvollisuutta. Orjien ja arentimiesten komturikunnat annettiin espanialaisille, joita tahdottiin palkita heidän kruunulle tai siirtokunnalle tekemistään palveluksista. Ne olivat niiden »benefisioin» (läänitystilusten) tapaisia, joita läänitysajan sotapäälliköt ja ruhtinaat jakoivat uskollisille seuralaisilleen.
Don Martinez de Yrala, joka 17:nnen vuosisadan jälkimäisellä puoliskolla oli Paraguayn käskynhaltijana, tahtoi ansaita osakseen Espanian hallituksen erikoisen mieltymyksen. Hallituksen toiveiden tiesi hän käyvän siihen suuntaan, että olisi joudutettava villien sivistyttämistä, se on heidän asettumistaan asumaan kyläkunnittain, joiden suhteet järjestettiin europalaiseen tapaan. Hänen mieleensä johtui senvuoksi nerokas ajatus antaa jokaiselle yksityiselle oikeus perustaa omalla kustannuksellaan uusia kyliä tai saattaa vielä vapaina olevia indianeja liittymään jo perustettuihin kyläkuntiin. Niiden alkuasukasten palvelustöiden, jotka joku sillä tavoin omaan laskuunsa ja omalla uhallaan sai vakinaisille asuinpaikoille asettumaan, piti elinijäksi kuulua hänelle, mutta hänen kuoltuaan saivat siirtokunnan asukkaat vapautensa takaisin ja oli heidän vain valtionkassaan suoritettava määrätty vero. Espanialaiset panivat nyt toimeen oikeita villien metsästyksiä, samaan tapaan kuin portugalilaiset ja Sao Paolon »mamulukot», sekava joukko europalaisia eri kansakuntiin ja sekarotuisiin kuuluvia rosvoja, jotka olivat eräälle kalliolle rakentaneet ja linnottaneet luoksepääsemättömän rosvopesän, josta he tekivät hyökkäysretkiään ympäristöön, ryöstivät indianeja, myivät miehet ja lapset ja vaimoista jättivät osan elääkseen yhdyselämää heidän kanssaan. Vainotut ja pahoinpidellyt villit pakenivat metsiin, välttääkseen julmien sivistäjien mahtia, ja nämä voivat, huolimatta mitä innokkaimmista ponnistuksistaan, perustaa Paraguayhin vain noin 49 komturikuntaa, joita säilytettiin olemassa vain verrattomalla hirmuhallinnolla ja joissa usein puhkesi kapinoita. Villit käyttivät hyväkseen jokaista tilaisuutta, paetakseen takaisin metsiinsä, joissa he pontevasti puolustivat takaisinsaamaansa vapautta.
Jesuitat tulivat Paraguayhin 16:nnen vuosisadan loppupuolella, juuri siihen aikaan, jolloin ihmismetsästys oli täydessä kukassaan. Heistä tuli indianien puoltajia ja suojelijoita. Julkisesti ja arkailematta arvostelivat he espanialaisten menettelytapaa, syyttivät espanjalaisia hallituksen käskyjen halveksimisesta ja komturikuntien indianien pitämisestä orjina, joilta oli vapaus ryöstetty ja joita oli työllä ylenmäärin rasitettu, menehdytetty ja lisäksi pahoinpidelty. He esittivät syytöksiään aina Espanian kuninkaalle saakka, jolla aina oli vierellään jesuita rippi-isänä. He kuvasivat kuninkaalle niitä raakuuksia, joita hajotettiin villejä vastaan, joille ei annettu mitään uskonnollista opetusta; europalaisten häpeämättömiä tapoja, heidän herruusvaltansa kovuutta ja julmuutta, mikä tuhosi punanahat tai pakotti heidät kapinaan tai pakenemaan.
He selittivät, että harjotettu raakuus oli esteenä indianien kääntymiselle, että näille oli jo pelkkä sana »espanialainen» hirmu, ja että indianit mieluummin antoivat tuhota itsensä kuin siirtokuntahallituksen alaisina asettuivat kyläkuntiin asumaan. Jesuitat tarjoutuivat kääntämään villit lempeyttä käyttäen ja saattamaan heidät asumaan kyläkuntiin.
Jesuitat saivat, rohkeasti esiintyessään alkuasukasten puolustamiseksi, osakseen kaikkien europalaisten siirtolaisten vihan. Nämä kielsivät heitä astumasta heidän kyliinsä ja kieltäytyivät antamasta heille mitään ravinto-aineita suurimmassakaan hädässä. Jesuitaveljeskunnan lähetyssaarnaajat, jotka olivat opetelleet guaranien kieltä — mitä ennen heitä kukaan katolinen hengenmies ei vielä ollut tehnyt —, lähtivät metsiin ja asuivat indianien keskuudessa, jotka olivat tulleet huomaamaan, miten hyväntahtoisesti isät huolehtivat heidän kohtalostansa. Ystävinä ottivat heidät vastaan villit, jotka muuten pakenivat europalaisia vieläpä tappoivat heimolaisensa, jotka toimivat europalaisten tulkkeina. Molemmat ensimäiset lähetyssaarnaajat, Mazeta ja Kataldino, elivät metsissä guaranien joukossa ja neuvoivat näitä yhtymään muodostaakseen voiman, joka kykenisi tekemään vastarintaa vainoojille ja puolustamaan vapautta. Molemmat mainitut miehet tekivät kaiken voitavansa voittaakseen puolelleen punanahkojen luottamuksen ja myötätunnon. Kun he tunsivat näiden intohimoisesti pitävän soitannosta, niin kulkivat he laulaen virtoja pitkin, indianit seurasivat heidän venettään pitkin rantoja tai uivat perässä. Kun he tällä tavalla olivat koonneet suurehkon määrän alkuasukkaita, laskivat he veneensä maihin ja selittivät kristinuskon totuuksia — niin kertovat ainakin »Mieltäylentävät kirjeet». Todennäköisempää on kumminkin, että he puhuivat guaraneille siitä huonosta kohtelusta, jota nämä olivat saaneet osakseen; onnesta, joka heidän osakseen tulisi jesuitain isällisessä johdossa, ja että he ylistivät niitä »ihmeitä», mitä voivat tehdä.
Lähetyssaarnaajat pitivät tärkeänä lahjoilla ja lupauksilla voittaa puolelleen heimokuntien sotapäälliköt ja päämiehet ja heidät itseensä saattamalla heidät terveellisesti pelkäämään heidän salaperäisiä voimiaan. Ovatpa he todennäköisesti salaa tuhonneetkin julmasti indianeja, jotka eivät noudattaneet heidän käskyjään, sitte selittäen tapahtuman »voimakkaan ja kiivaan jumalan» teoksi, antaen siten uuden painoksen siitä ihmeestä, jonka kautta pyhä Pietari rankaisi Ananiasta ja Safiraa.
Jesuitaveljeskunta riemuitsi kaikesta vastarinnasta, mitä espanjalaiset siirtomaissa heille tekivät. Francisco Alfaro, Paraguayn käskynhaltija, julisti vuonna 1612 hallituksen nimessä määräyksen, joka ankarasti kielsi ahdistamasta indianeja saattaakseen heidät kyliin asumaan, ja selitti, että vast'edes ei enään annettaisi komturikuntia kenellekään läänityksiksi. Mutta jo kahta vuotta aikaisemmin olivat jesuitat päässeet aseman herroiksi ja olivat laskeneet valtakuntansa perustan sillä, että olivat ruvenneet maallisten päälliköiden ja viranomaisten sijaan monissa komturikunnissa, joita nyt alkoivat muodostella uuteen tapaan.